Jupyter Notebook (IPYNB) — fichier .ipynb

Le fichier IPYNB enregistre un notebook Jupyter : une séquence de cellules mêlant code exécutable (Python le plus souvent, mais aussi R, Julia…), ses résultats d’exécution (texte, tableaux, graphiques) et des cellules de texte explicatif en Markdown, le tout dans un seul document reproductible et partageable.

C’est un document JSON structuré, sans signature binaire propre : seules les clés caractéristiques "cells", "nbformat" et "metadata" permettent de le reconnaître avec certitude par inspection du contenu. Devenu incontournable dans l’enseignement et la recherche en science des données, il pose aussi des défis bien identifiés pour le contrôle de version, chaque exécution modifiant les résultats stockés même sans changement du code.

Une sortie graphique (un graphique matplotlib, par exemple) est enregistrée directement dans le notebook sous forme d’image encodée en base64, ce qui rend le fichier entièrement autonome et consultable sans réexécuter le code — au prix d’une taille de fichier qui peut rapidement grossir avec de nombreuses visualisations.

Le nom “IPython Notebook” à l’origine du format, devenu Jupyter après l’extension du projet à d’autres langages que Python, explique pourquoi l’extension et le format restent .ipynb malgré ce changement de nom du projet lui-même.

Des outils comme nbstripout ou nbdime ont été créés spécifiquement pour atténuer ce problème de suivi de version : le premier retire automatiquement les sorties d’exécution avant chaque commit Git, le second propose un mécanisme de comparaison (“diff”) qui comprend la structure en cellules du notebook plutôt que de le traiter comme un simple bloc de texte JSON.

GitHub affiche directement un rendu formaté d’un fichier IPYNB déposé dans un dépôt, avec ses cellules de texte, son code coloré syntaxiquement et ses graphiques déjà exécutés, sans que le visiteur n’ait besoin d’installer Jupyter localement pour consulter le contenu du notebook.